Hamenei apglabāts Imama Rezas mauzolejā viņa dzimtajā pilsētā Mešhedā, Irānas austrumos.

Pie mauzoleja bija sapulcējušies tūkstošiem cilvēku, lai noklausītos lūgšanas un atvadītos no Hamenei.

Hamenei bēru pasākumi sākās 3. jūlijā Teherānā ar piemiņas ceremoniju, kurā piedalījās ārvalstu amatpersonas.

Pēc tam bijušā valsts vadītāja zārks divas dienas bija izstādīts Teherānas Lielajā Mosallas mošejā, kur no viņa atvadījās tūkstošiem cilvēku. 6. jūlijā Hamenei zārks svinīgā procesijā tika vests cauri galvaspilsētai un pēc tam nogādāts Kumā, kur arī notika bēru procesija, un 7. jūlija vakarā pārvests uz Irāku, kur pasākumi notika Nedžefā un Kerbelā, kas tiek uzskatītas par svētām pilsētām šiītu islāmā. Pēc tam Hamenei zārks tika nogādāts atpakaļ Irānā.

Pēc Ali Hamenei nāves par Irānas augstāko līderi tika iecelts viņa dēls Modžtaba Hamenei,

kurš pats tika ievainots gaisa triecienos, kuros gāja bojā viņa tēvs un daudzas citas Irānas amatpersonas.

Modžtaba Hamenei kopš uzbrukuma nav bijis redzams publiski un visus rīkojumus amatpersonām un varasiestādēm nodevis rakstiski. Daudzi gaidīja, ka viņš apmeklēs tēva bēres, bet viņš tā arī nebija redzams nevienā no daudziem pasākumiem sešu dienu ilgās bēru ceremonijas laikā.